A linha de Reforma dos Sistemas Penitenciários, coordenada desde 2019 pela Procuradoria Geral da República Dominicana, é também composta por países integrantes da COMJIB: Argentina, Brasil, Chile, Equador, Honduras e Paraguai.

Entre os Estados Parte do organismo houve um claro consenso, a partir da Assembleia Plenária de San José realizada em 2008, sobre a prioridade de trabalhar pelos direitos das pessoas privadas de liberdade na região, com o objetivo de minimizar os efeitos potencializadores de punição que significava confinamento em condições de insalubridade e penúria. Assim, em 2010, foi aprovada a "Declaração de San José", que integrava a recomendação sobre o acesso aos direitos pelas pessoas penalmente privadas de liberdade na Ibero-América, elaborada com o apoio técnico do Instituto Latino-Americano das Nações Unidas para Prevenção do Delito e Tratamento do Deliquente (ILANUD) e apoiada pela XVII Assembleia Plenária da COMJIB realizada na Cidade do México. 

O marco seguinte no trabalho desta linha foi a elaboração do Guia de Infraestrutura Penitenciária, aprovado em 2013, que englobava diretrizes específicas, não apenas para o desenvolvimento ou promoção de uma infraestrutura penitenciária, mas também na definição de conceitos como a seleção do terreno mais adequado, o programa funcional ajustado às necessidades penitenciárias ou o perfil dos profissionais envolvidos em cada uma das fases de desenvolvimento, para disponibilizá-las à própria Administração Penitenciária. Nesse mesmo ano, também seria aprovado o Programa Modelo de Género no contexto da privação de liberdade para a Ibero-América.

Desde então, esta linha de trabalho foi fortalecida pela participação da COMJIB em iniciativas como a ação do EUROsociAL II Integração sociolaboral de pessoas privadas de liberdade, que permitiu o desenvolvimento de ferramentas de políticas públicas nessa área em 13 países da América Latina.

Com os últimos trabalhos da linha houve uma mudança de paradigma no foco da reforma dos sistemas penitenciários; a humanização da pena, como princípio de informação do sistema, revela-se comparativamente mais frutífera do que os propósitos ressocializadores cuja imprecisão os torna inadequados para dar conteúdo aos modelos de política carcerária. A humanização das prisões toma como referência a Declaração Universal dos Direitos Humanos e outros textos semelhantes, fazendo com que a subjetividade dos privados de liberdade ultrapasse os muros das prisões. Esta abordagem tem sido reforçada pelo contexto pandémico que tem pressionado o funcionamento dos estabelecimentos prisionais e obrigou as autoridades públicas, ainda mais, a agir para evitar fenómenos como a sobrelotação.

Conscientes de tudo isso e alinhados a outros instrumentos promovidos pela COMJIB, como as Regras de Brasília de acesso à justiça para pessoas em situação de vulnerabilidade, na linha 4 de trabalho sobre a reforma dos sistemas penitenciários trabalhou-se, em 2021, na elaboração de um Compromisso de ação sobre os direitos humanos da população privada de liberdade e a humanização dos sistemas prisionais na Ibero-América, aprovado na XXII Assembleia Plenária em julho de 2022.

A estratégia da COMJIB para o período 2022-2023 inclui a necessidade de trabalhar num sistema próprio de monitorização dos compromissos assumidos pelos países da Conferência, de desenvolver sistemas penitenciários e prisionais que promovam a proporcionalidade no cumprimento das penas, as alternativas à privação de liberdade e o cumprimento dos direitos fundamentais das pessoas privadas de liberdade.