As linhas de trabalho da COMJIB são as áreas identificadas como prioritárias pelos membros da COMJIB nas quais focar as ações técnicas e políticas do organismo. São grupos de um número variável de países nos quais participam os Coordenadores Nacionais e especialistas institucionais designados, que geralmente são apoiados por especialistas e peritos externos. Nas linhas de trabalho, forjam-se produtos e propostas que são posteriormente submetidas à avaliação de todos os países nas reuniões estatutárias dos Coordenadores Nacionais e nas Assembleias Plenárias de Ministros/as. É o espaço de intercâmbio e diálogo técnico da Conferência em que também são definidos os programas da COMJIB.

A lista de temas e países variou nos últimos anos, mas atualmente é composta por: