Las líneas de trabajo de la COMJIB son los ámbitos identificados como prioritarios por los integrantes de la COMJIB en los que centrar las acciones técnicas y políticas del organismo. Son grupos de un número variable de países en los que participan los Coordinadores Nacionales y expertos institucionales designados a los que habitualmente apoyan otros expertos y peritos externos. En las líneas de trabajo se fraguan productos y propuestas que posteriormente son sometidas a la valoración de todos los países en las reuniones reglamentarias tanto de Coordinadores Nacionales como en las Asambleas Plenarias de Ministros/as. Se trata del espacio de intercambio y diálogo técnico de la Conferencia en el que también se definen las programaciones de la COMJIB.

La nómina de temáticas y países ha variado en los últimos años pero en la actualidad está formada por: